Obszary SOO występujące w Nadleśnictwie Olecko cechuję się wysoką różnorodnością siedlisk począwszy od borów i lasów bagiennych, łęgów po grądy, a co za tym idzie na niewielkim terenie występuje duże bogactwo gatunkowe.

W chwili obecnej gospodarka leśna w obszarach N2000 na terenie Nadleśnictwa Olecko jest zgodnie z Planem Urządzania Lasu (PUL), natomiast Plany Zadań Ochronionych (PZO) dla obu obszarów są w trakcie opracowywania.

Grunty Nadleśnictwa Olecko znajdują się siedliskawchodzące w skład:

• SOO Dolina Górnej Rospudy zajmujące powierzchnię około 329 ha na gruntach Nadleśnictwa, całkowity obszar wynosi 4070,4 ha. Tereny te wyróżniają się  rzeźbą terenu, bogatą w pagórki, doliny, wąwozy, strumyki i jeziora. Szczególną uwagę zwracają twardowodne i oligotroficzne jeziora Rospuda i Siekierewo z podwodnymi łąkami ramiennic oraz murawy kserotermiczne. Rzadko występującym gatunkiem, a zinwentaryzowanym na terenie Nadleśnictwa jest nocek łydkowłosy.
• SOO Ostoja Borecka na terenie Nadleśnictwa zajmuje obszar 26,95 ha, zaś powierzchnia całkowita to 25 340, 14 ha.

Generalną zasadą działań na obszarach N2000 jest prowadzenie takiej gospodarki aby nie pogorszyć stanu siedlisk i populacji poszczególnych gatunków. Jeżeli jest to możliwe dąży się do utrzymania lub poprawy warunków ich bytowania,co nie konieczne jest równoznaczne zaprzestaniu gospodarowania.W obecnych czasach bierna ochrona przyrody jest niewystarczająca stąd powstała właśnie idea ogólnoeuropejskiej sieci chroniącej wyróżniające się obszary na tle naszego kontynentu, a nawet planety.

Natura 2000 jest wciąż nowością budzącą wiele obaw i kontrowersji.